武汉市秀谷科技有限公司研发中心下设四大分中心：土壤修复研发中心、全域国土综合整治耕地研究中心、碳汇科学技术研究中心、土壤修复设计中心。

土壤修复研发中心：联合合作的高等院校、研究院所、专家团队等，开发公司2023—2025年土壤修复业务（耕地质量提升、酸化土壤治理、高标准农田建设地力提升、污染耕地修复、矿山复垦复绿、农用地大数据分析与应用）发展需要的农田土壤修复新技术、新材料、新工法等。

全域国土综合整治耕地研究中心：对整治后新增耕地的质量等级进行评价与监测，通过耕地质量等级评价指标及权重的计算，准确出具新增耕地质量等级报告，实时监测新增耕地评价指标波动，对新增耕地管护提供数据支撑；同时对耕地质量等别评价因素及权重多次模拟计算测评出目标耕地质量等别，筛选出最优整治模型，为设计单位及决策者提供重要设计与预算依据。

碳汇科技技术研究中心：联合深圳大学、中山大学共同开展农田土壤修复、工业场地土壤修复、矿山土壤修复等土壤修复的碳汇测度系统研究。

土壤修复设计中心：聚焦农田土壤污染治理、高标准农田建设地力提升、农业耕地质量提升、全域国土综合整治耕地治理等；定位国内首家专业农田土壤修复设计单位，承接政府部门关于农田土壤修复设计与修复规划的相关业务（下辖独立机构运营），并承担武汉市秀谷科技有限公司技术管理部设计中心的相关设计工作。